Blue Dragon raconte les aventures de Shû,
un jeune garçon issu d'une lignée de guerriers légendaires.
Il découvre un jour qu'il possède une « ombre » qui peut se transformer en un dragon bleu géant.
Il rencontre alors une fille, Zola, qui recherche d'autres descendants, comme lui,
de ces « Guerriers de la Lumière ».
Avec d'autres individus qu'ils vont croiser, ils tenteront de percer le secret de cette légende des Blue Dragon.